Su nombre aborigen era Chicaquicha, que quiere decir nuestro cercado grande, y hay también quien diga  Chipaquicha, lo cual significaría Pie de nuestro padre, igualmente se decía Chicaquira y Chicaquica; de otra parte a la palabra Zipaquirá se le da el significado de pie del Zipa o Ciudad del Zipa. 

Interpretando nombres y significados, el historiador Roberto María Tísnes en su documental obra sobre Zipaquirá los resume en lo siguiente: “Chicachica pie del suegro o del yerno; Chicaquira, poblado del suegro o del yerno; Chipaquicha, pie de nuestro padre”.

Hasta finales del siglo pasado se escribía Zipaquirá con C pero en apoyo al respetable argumento de don Luis Orejuela finalmente se convino en que debe escribirse con Z.

En el extremo derecho del cerro de las salinas, sobre el camino a las tierras de Pacho, estaban poblados los indios de  Chicaquira, explotadores de las minas de sal, elaboradores y comerciantes de la misma y al frente, cubriendo la planicie abierta a los pies de esta colina, dispersos numerosos poblamientos dedicados a estas labores y a la agricultura.

A este pueblo llegaron los Españoles y de él tomaron posesión, estableciendo una de las doctrinas más importantes , pues eran como cinco mil indios en contorno,  a los cuales otros tantos  y distantes estaban vinculados como fabricantes de vasijas para elaborar sal, acarreadores y traficantes . De chicaquira a Tibitó  y de aquí a Tocancipa y Gachancipa había un ancho camino por el que iban y venían interminables filas de olleros , en tanto que bordeando el cerro  hacia el sur otras filas de cargueros las llevaban repletas de sal a los pueblos consumidores de Busongote, chia, Tenjo, Tibitó, Chitasuga y otros, siendo el principal la capital Funza.

El primer encuentro de los zipaquiraes con la vanguardia española en marzo de 1537 ocurrió por los lados de Nemocón, de donde siguiendo por el pie el cerro luego cruzaron la llanura para salir al sitio hoy llamado Las Manas, cercad e Busongote (Cajica), donde otra vez fueron vencidos los naturales.